El cerebro tiene un papel destacado en la modulación de funciones intestinales (motilidad, secreción de ácido, de bicarbonato y de moco, manejo de fluidos intestinales. Estas funciones son esenciales en el mantenimiento de la capa mucosa donde crecen grupos individuales de bacterias en diferentes microhábitats. Una desregulación del eje intestino-cerebro puede afectar a la microbiota intestinal a través de la perturbación del hábitat mucoso normal.
El eje intestino-cerebro es la señalización bioquímica bidireccional (tracto GI) y el sistema nervioso central (SNC) tiene lugar, ante todo, por las vías nerviosas simpáticas (nervios esplácnicos) y parasimpáticas (nervios vagos) del sistema nervioso autónomo. El término eje intestino-cerebro también se utiliza ocasionalmente para referirse al papel de la flora intestinal en la interacción.
En términos generales, el eje intestino-cerebro incluye el sistema nervioso central, el sistema neuroendocrino, los sistemas neuro inmunitarios, el eje hipotálamo-pituitario-suprarrenal (eje HPA), los brazos simpático y parasimpático del sistema nervioso autónomo, el sistema nervioso entérico, el nervio vago, y la microbiota intestinal.
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